黄淳耀生于万历三十三年（1605年），3岁读千字文，5岁读四书五经，14岁县试名列前茅，17岁补博学弟子，人称“黄家千里驹”。由于诗文出众，受到“嘉定四先生”中程嘉燧的欣赏，并推荐给常熟大诗人钱谦益家执教蒙馆。黄淳耀十分痛恨华而不实的八股文，与门人陆元辅组织“直言社”，倡导经世之用、言之有物的文章，名重一时。崇祯十六年（1642年）中进士，因生性耿直，不满朝廷黑暗，不愿做官，宁愿返乡教书，淡泊一生。
1644年，清兵入关，实行民族高压政策，强令汉人剃发蓄辫：“留发不留头，留头不留发。”激起强烈反抗。1645年闰六月，嘉定各地自发组织乡兵抗清，共推乡贤侯峒曾、黄淳耀为领袖。侯、黄领导义军守城廾日，杀清江南提督李成栋之弟李成林，至七月四日，终因寡不敌众，城陷。侯峒曾不降，投叶城自尽。黄淳耀上吊自裁于西林庵，留下绝命书：“弘光元年，七月初四日，进士黄淳耀自裁于西城僧舍。呜呼！进不能宣力皇朝，退不能洁身自隐，读书寡益，学道无成，耿耿不昧，此心而已。异日夷氛复靖，中华士庶，在见天日，论其世者，当知予心！””死年41岁，其弟黄渊耀随兄而去，仅22岁，门人私谥贞文。兄弟死时，口血喷壁间，入砖寸许，其迹历久不灭云，无等法师含泪用笔在一旁写下“留碧”两字。黄淳耀死后，其弟子陆元辅将其遗像悬挂於书房，朝夕瞻拜，终生不辍。
黄淳耀精研经籍，造诣深粹，诗文旧然成家，间有感讽时政之作，著有《山左笔谈》、《陶庵集》。清代著名学者纪晓岚评其诗“浑然天成，绝无懦响”。黄淳耀崇拜陶渊明，故有陶庵号，文章质朴淡雅，如《李龙眠画罗汉记》、《顽山赋》等脍炙人口的佳作，至今仍被人推崇，有的还入选学生课本。钱大昕曾赞言：“公之文章，青天白日；公之心地，寒冰颢月。”
淳耀善书，法颜真卿，亦工绘事。
